自唐宋就實(shí)行羈縻統(tǒng)治。

宋大觀元年（1107年）始置。

元至元十六年（1279年）改為安定縣。為曉愛(ài)瀘洞赤溪等處、卑帶洞大小田等處；德明洞、禿羅等蠻夷長(zhǎng)官司地，屬思州軍民安撫司。

明洪武五年（1372年）置邛水、得民、曉益、陂帶、團(tuán)羅五長(zhǎng)官司；二十五年（1392年）并為邛水一十五洞蠻夷長(zhǎng)官司，屬思南宣慰司；永樂(lè)十二年（1414年）以邛水一十五洞蠻夷長(zhǎng)官司隸鎮(zhèn)遠(yuǎn)府。

清雍正十年（1733年）改設(shè)邛水縣丞，為鎮(zhèn)遠(yuǎn)分縣。雍正十二年（1734年）添設(shè)鎮(zhèn)遠(yuǎn)縣丞一員分駐邛水司地。

民國(guó)二年（1913年）以邛水縣丞地置邛水縣，屬黔東道；十三年（1924年）改靈山縣；十六年（1927）易名三穗縣。相傳縣城附近稻田中，一株水稻并出三穗，故名。

1950年，屬鎮(zhèn)遠(yuǎn)專(zhuān)區(qū)。

1956年，劃入黔東南苗族侗族自治州。

1958年，撤銷(xiāo)三穗縣，并入鎮(zhèn)遠(yuǎn)縣。

1962年，恢復(fù)三穗縣。

1958年12月20日，國(guó)務(wù)院全體會(huì)議第82次會(huì)議決定：撤銷(xiāo)岑鞏、三穗2縣，將原2縣的行政區(qū)域全部劃歸鎮(zhèn)遠(yuǎn)縣。

1962年10月20日，國(guó)務(wù)院全體會(huì)議第117次會(huì)議決定：恢復(fù)三穗縣，以合并于鎮(zhèn)遠(yuǎn)縣的原三穗縣行政區(qū)域?yàn)槿肟h的行政區(qū)域。

1996年，三穗縣轄5個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)?？h政府駐八弓鎮(zhèn)。

截至2013年，三穗縣轄5個(gè)鎮(zhèn)、4個(gè)鄉(xiāng)：八弓鎮(zhèn)、臺(tái)烈鎮(zhèn)、瓦寨鎮(zhèn)、桐林鎮(zhèn)、雪洞鎮(zhèn)、滾馬鄉(xiāng)、長(zhǎng)吉鄉(xiāng)、款場(chǎng)鄉(xiāng)、良上鄉(xiāng)。 159個(gè)村，5個(gè)居民社區(qū)。